Согласно одной из легенд, голову ему отсек отец Шива, когда Ганеша не пускал его в покои матери. Затем, чтобы успокоить супругу, Шива пришил Ганеше голову находившегося поблизости слона. Согласно другой версии, на день рождения Ганеши забыли пригласить бога Шани (олицетворение планеты Сатурн), и тот, явившись без приглашения, в гневе испепелил голову младенца взглядом. Тогда Брахма посоветовал Шиве пришить младенцу голову первого же существа, которое ему встретится. Этим существом оказался слон Индры — Айравата. Согласно устным индийским мифам, Сатурн (Шани) являясь одним из родственников, был приглашен на чествование новорожденного сына Шивы: мать Ганеши, Парвати, непременно хотела показать могущественному родственнику прекрасного младенца. Обладая смертоносным взглядом, который он был не в состоянии контролировать, Шани долго отказывался от приглашения, но его всё-же уговорили. Первый же взгляд Шани на сына Шивы испепелил ему голову. По другой версии, голова просто отвалилась.
Согласно другой версии, в "Брихаддхарма-Пурана" (Brihaddharma-Purana) сказано, что после рождения Ганеши все боги были приглашены на праздник, на котором каждый мог взглянуть на младенца. Почести Парвати и её сыну не воздал только Шани (Sani), так как он был проклят своей супругой за пренебрежение ею, и от его взгляда гибло всё, на что падал его взор. Парвати, несмотря на предупреждение Шани, попросила всё-таки его взглянуть на её сына. Как только Шани посмотрел на Ганешу, голова младенца отделилась от тела и упала на землю. Воскресить младенца не удалось даже Шиве. Тогда с небес раздался голос Брахмы, который повелел «приставить» к плечам Ганеши голову того, кто «спит лицом к северу». На поиски головы был отправлен слуга Шивы Нандин (Nandin), который после долгих странствий пришёл в столицу небесного царства Амаравати (Amaravati). У ворот города он увидел слона, лежащего головой на север. Это был Айрават,ау (Airavata), слона бога Индры. Победив в сражении с Индрой, Нандин отсек голову слону и вернулся к Шиве. Ганеша ожил и по велению Шивы стал во главе Ганов (сонмов слуг Шивы), получив от Брахмы имя Ганеша — «Владыка Ганов». Индра пришёл с покаянием к Шиве, и в знак прощения Шива велел бросить тело обезглавленного слона в океан, чтобы тот обрёл новую голову, после чего воскресший Айравата вернулся к Индре.
По поводу потери одного бивня также существует несколько легенд. По одной из них, Ганеша, сражаясь с великаном Гаджамукхой, сам отломил свой бивень и бросил его в противника. Бивень обладал магической силой, и Гаджамукха превратился в крысу, став затем ездовым животным (ваханой) Ганеши. Другая легенда гласит, что однажды Шиву навестил мудрец Прашурама, но Шива в это время спал, и Ганеша отказался его впустить. Тогда Парашурама бросил в Ганешу свой топор и отсёк ему правый бивень. Есть также легенда, что, записывая "Махабхарату" под диктовку Вьясадевы, Ганеша сломал перо и, стремясь не упустить ни слова, отломил бивень и стал писать им.
Ганеша также является повелителем ганов (войско-свита Шивы). Существует легенда о том, что Ганеша и Сканда (оба — сыновья Шивы) боролись за этот пост, и в итоге Шива решил, что тот будет повелителем ганов, кто быстрее обежит вокруг Галактики. Сканда сразу сорвался с места и начал свой долгий путь, а Ганеша — не торопясь обошел своих родителей по кругу — ведь именно Шива и Парвати были олицетворением Галактики. И после этого Ганеша получил прозвище «Ганапати» (владыка ганов).